تتولى النيابات الكلية متابعة سير الإجراءات الجزائية المتعلقة بالقضايا الواردة إليها من النيابات الجزئية، وترجع التسمية هذه إلى اعتبارات مهمة و حيوية في تحديد المهام و الأعمال الخاصة بالنيابة العامة تحقيقا للأهداف المرجوة والمتوخاة في الدفاع عن الحق العام .
فحسب قانون الاجراءات الجزائية رقم (3) لسنة 2001 يتعين على النيابات الجزئية في جرائم الجنايات إرسال الأوراق الخاصة بالتحقيق للعرض على أعضاء النيابة العاملين في النيابة الكلية، الذين يقومون بدورهم بدراسة الملف وتدقيق المذكرات الواردة من النيابات الجزئية ثم إبداء الرأي بشأنها وعرضها على المستشار النائب العام لإصدار القرار الذي لا يخرج عن ثلاثة أمور :
1- إحالة المتهم للمحاكمة أمام المحكمة المختصة (محكمة البداية): وفي هذه الحالة يقوم عضو النيابة الذي قام بتدقيق الأوراق بإعداد لائحة الاتهام و قائمة الشهود وعرضها على النائب العام الذي يأمر بإجالة المتهم للمحاكمة حيث يتولى عضو النيابة المدقق للتحقيقات متابعة إجراءات المحكمة وحضور الجلسات الخاصة بنظر الدعوى الجزائية والطلبات المتفرعة عنها.
2- إعادة الأوراق إلى النيابة الجزئية لاستيفاء التحقيقات بشأنها: وفي هذه الحالة يتم إعادة الأوراق الجزائية للنيابة الجزئية المختصة لتتولى تنفيذ الاستيفاءات المطلوبة ومن ثم إعادتها للنيابة الكلية للعرض على عضو النيابة المختص لدراسة الاستيفاءات والتصرف على ضوء ذلك .
3- إصدار قرار الحفظ: يقوم عضو النيابة بإعدادمشروع قرار الحفظ مشتملاً كافة الوقائع الواردة بالأوراق والأساس القانوني الذي يستند إليه الحفظ، ثم يتم عرضه على النائب العام للتوقيع عليه وعلى ضوء ذلك تعاد الدعوى الجزائية مرفقاً بها قرار الحفظ إلى النيابة الجزئية لتتولى قيدها في السجل الخاص بالمحفوظات .
كما يتوجب على النيابات الكلية تدقيق الأحكام الصادرة عن محاكم الصلح في الجنح والمخالفات الواردة إليها من النيابات الجزئية، وذلك إما باعتمادها وتصديقها أو استئنافها إذا ما رأى عضو النيابة المختص ذلك، حيث يتم إحالتها إلى شعبة الاستئناف التي تتولى متابعة الاجراءات للاستئناف، كما ينعقد لها مهمة استقبال الاستئنافات الخاصة بالأحكام الجزائية المقدمة من قبل المدانين ومتابعة إجراءات سيرها أمام المحكمة حسب الأصول.